分岐は３パターンで、分岐シナリオにて主人公の所属する部隊を選ぶ。
宇宙ルート
分岐選択肢「宇宙に向かわせる」を選択した場合に進む。母艦はネェル・アーガマで、ユニットはＭＳで構成。ストーリーはガンダムＵＣが中心となっている。
第１０話「コロニー動乱」
第１１話「ユニコーンの日」
第１２話「赤い彗星の襲来」
第１３話「戦乱のプレリュード」
地上ルート
分岐選択肢「日本に残らせる」を選択した場合に進む。母艦はドラゴンズハイヴで、ユニットはマジンガー、ゲッターなどスーパーロボットで構成。ストーリーはヱヴァンゲリヲン新劇場版が中心となっている。
第１０話「魔王の誘い」
第１１話「新世紀の序章」
第１２話「みんな、必死に生きている」
第１３話「他人、そして自分」
ミスリルルート
分岐選択肢「ミスリルに参加させる」を選択した場合に進む。母艦はマクロス・クォーターで、ユニットはバルキリー、ＡＳ、ＡＴで構成。ストーリーはボトムズが中心となっている。