分岐は２パターンで、分岐シナリオにて選択肢を決定する。どちらを選んでもメンバーは変わらない。
分岐「ネオ・ジオンの調査に向かう」
第２２話「ロンデニオンの邂逅」
第２３話「次代を担う者」
第２４話「パラオ急襲」
第２５話「ＮＴ－Ｄ」
第２６話「魔獣王子、目覚める」
第２７話「涙の行方」
分岐「ネオ・ジオンを静観する」
第２２話「隻眼の転校生」
第２３話「終末を呼ぶもの」
第２４話「シャアの影」
第２５話「猛るユニコーン」
第２６話「暗黒の王子」
第２７話「堕ちた巨人」
分岐は２パターンで、分岐シナリオにて選択肢を決定する。どちらを選んでもメンバーは変わらない。
第２２話「ロンデニオンの邂逅」
第２３話「次代を担う者」
第２４話「パラオ急襲」
第２５話「ＮＴ－Ｄ」
第２６話「魔獣王子、目覚める」
第２７話「涙の行方」
第２２話「隻眼の転校生」
第２３話「終末を呼ぶもの」
第２４話「シャアの影」
第２５話「猛るユニコーン」
第２６話「暗黒の王子」
第２７話「堕ちた巨人」