各シナリオ攻略　第４７話～第４８話

分岐は３パターンで、４５話と４６話の間の分岐シナリオにて「日本に残る」を選択した場合のみ分岐選択肢を選ぶことができる。いずれのルートも主人公の所属する部隊は４６話から変わらない。

メリダ島ルート

４５話と４６話の間の分岐シナリオにて「メリダ島へ行く」選択時はこのルートに固定となる。ストーリーはガンダム中心。

第４７話「大西洋の死闘」
第４８話「重力の井戸の底で」

日本ルート・実験実行

第４６話「成功確率０．０００１％」の戦闘終了後、分岐選択肢「ＥＶＡ３号機の起動実験を行なう」を選択した場合に進む。ストーリーはヱヴァンゲリヲン新劇場版：破の内容が原作に近い形で展開される。そのため、このルートに進んだ場合はアスカが離脱することになり、エヴァ２号機のパイロットはマリに変更される。

第４７話「生命の選択」
第４８話「禁断の領域」

日本ルート・実験凍結

第４６話「成功確率０．０００１％」の戦闘終了後、分岐選択肢「ＥＶＡ３号機の起動実験を凍結する」を選択した場合に進む。ストーリーはエヴァのパイロットとアクエリオンのパイロットが中心となっている。このルートに進んだ場合はエヴァ２号機のパイロットはアスカのまま変わらない。

第４７話「アタリとハズレ」
第４８話「再来する絶望」