分岐は3パターンで、45話と46話の間の分岐シナリオにて「日本に残る」を選択した場合のみ分岐選択肢を選ぶことができる。いずれのルートも主人公の所属する部隊は46話から変わらない。
メリダ島ルート
45話と46話の間の分岐シナリオにて「メリダ島へ行く」選択時はこのルートに固定となる。ストーリーはガンダム中心。
日本ルート・実験実行
第46話「成功確率0.0001%」の戦闘終了後、分岐選択肢「EVA3号機の起動実験を行なう」を選択した場合に進む。ストーリーはヱヴァンゲリヲン新劇場版:破の内容が原作に近い形で展開される。そのため、このルートに進んだ場合はアスカが離脱することになり、エヴァ2号機のパイロットはマリに変更される。
日本ルート・実験凍結
第46話「成功確率0.0001%」の戦闘終了後、分岐選択肢「EVA3号機の起動実験を凍結する」を選択した場合に進む。ストーリーはエヴァのパイロットとアクエリオンのパイロットが中心となっている。このルートに進んだ場合はエヴァ2号機のパイロットはアスカのまま変わらない。