分岐は2パターンで、分岐シナリオにて主人公の所属する部隊を選ぶ。この分岐によって大きく違ってくるのは、ここで「メリダ島へ行く」を選んだ場合はEVA2号機のパイロットがアスカからマリに変更されることが確定するということだ。「日本に残る」場合のみ46話終了後にさらなる分岐があり、アスカを継続して使っていきたいならそこで「3号機起動実験の凍結」を選ばなくてはならない。
メリダ島ルート
分岐選択肢「メリダ島へ行く」を選択した場合に進む。母艦はラー・カイラム、ネェル・アーガマ、プトレマイオス2改で、ユニットはMS、AS、KMF、ATで構成。ストーリーはガンダムが中心となっている。前述の通り、こちらの分岐を選ぶとアスカの離脱が確定するので、アスカを継続して使いたい人は選んではいけない。
日本ルート
分岐選択肢「日本に残る」を選択した場合に進む。母艦はドラゴンズハイヴ、マクロス・クォーターで、ユニットはマジンガー、ゲッターなどスーパーロボット、バルキリー等で構成されている。ストーリーはヱヴァンゲリヲン新劇場版が中心となっている。なお、この選択肢を選んだ場合は戦闘終了後に分岐選択肢が表示される。