前のシナリオ 第４６話「成功確率０．０００１％」
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マップ
マップ上のイベント
【 「３号機と戦う」選択時 】
(1) ３号機撃墜後または４ＰＰ、
初号機が暴走し第３軍となる、敵増援（ミケーネ）、味方増援（母艦）。
【 「３号機と戦わない」選択時 】
(1) 選択肢決定後、初号機が暴走し第３軍となり、ミケーネが襲来した状態で味方が出撃する。
解説
戦闘開始直前に３号機と戦うか、戦わないかの選択肢が提示される。原作通りに物語が進むのは「３号機と戦わない」を選択した場合で、ゲンドウによりダミーシステム起動が指示され初号機は暴走状態でのスタートとなる。一方、「３号機と戦う」を選ぶとゲームならではの展開でシンジの操作で３号機と戦うことができる。しっかり改造していなければ難しいが、ここで３号機を倒すとＤトレーダーにてＡＧからのボーナス１００Ｚを貰うことができる。また、この選択は５０話以降の運命抵抗ルートへの分岐に影響するとみられるので、「３号機と戦う」を選択しておくといいだろう。
→ 隠し要素 – 運命抵抗ルート
悲しいことにどちらの選択肢を選んでも結局のところ暴走は避けられず、初号機は第３軍となり戦わなければならない。ＳＲポイント獲得条件は第９の使徒（＝３号機）の撃墜前に、この暴走した初号機を倒すことだ。初号機はＡ．Ｔ．フィールド持ちの上に２回行動の強敵。ミケーネのタロス像登場から４ターン後を迎えると敗北となるため、タロス像は手が回れば倒す程度で初号機と使徒の撃墜に注力すればいい。
登場ユニット
味方
エヴァンゲリオン初号機（シンジ） ×1
（味方増援1）
ドラゴンズハイヴ（Ｆ．Ｓ．） ×1
マクロス・クォーター（ジェフリー） ×1
真ゲッタードラゴン（號） ×1
選択したチーム ×16
敵
第９の使徒（第９の使徒） ×1
（ミケーネ登場後）
タロス像（ケドラ）＆タロス像（ケドラ） ×16
第９の使徒（第９の使徒） ×1
第３軍
（エヴァ初号機暴走後）
エヴァンゲリオン初号機（ダミーシステム） ×1
作戦目的
勝利条件
1. 第９の使徒の撃墜。
（ミケーネ登場後）
1. ミケーネ登場から４ターン以内に第９の使徒を撃墜する。
敗北条件
1. シンジの撃墜。
（ミケーネ登場後）
1. 味方戦艦の撃墜。
2. 使徒、またはミケーネが初号機を撃墜する。
3. ミケーネ登場から４ターン後を迎える。
SRポイント獲得条件
初号機を撃墜する。